Godehard wurde im Benediktiner Kloster Niederaltaich erzogen; sein Vater war Bauer auf Feldern des Klosters. Der auffallend begabte Junge kam früh in die dortige Klosterschule, dann ins Kloster St. Emmeram in Regensburg. Aufgrund seiner Begabung wurde er dem Bischof von Salzburg empfohlen, wo er weiter studierte. 990 schloss er sich dem Orden in Niederaltaich an, wurde bald schon Prior und 996 Abt. Godehard war ein konsequenter Verfechter der Gorzisch-Lothringischen Klosterreform; aus Niederaltaich wurde unter seiner Führung ein blühendes Kloster. 1001 wurde er als Abt nach Tegernsee, berufen, ohne sein Amt in Niederaltaich aufzugeben. Doch diese doppelte Abtsrolle war kirchenrechtlich nicht unbedenklich, so dass er 1002 Tegernsee wieder verließ und nach Niederaltaich zurückkehrte. Kaiser Heinrich II. übertrug ihm 1004 zusätzlich die Leitung des reformbedürftigen Klosters in Hersfeld. Die Klöster St. Emmeram, Niederaltaich und Tegernsee wurden herausragende Zentren der von Heinrich II. geförderten gorzisch-lothringischen Reform, man spricht deshalb auch von der Godehard-Reform. 

1022 wurde Godehard auf Vorschlag von Kaiser Heinrich II. Bischof in Hildesheim. Als Bischof zeichnete er sich durch seine Volksverbundenheit und sein fröhliches Wesen aus; seine schlichte, asketische Lebensweise machten ihn sehr beliebt. Er predigte oft, besuchte die Armen und pflegte selbst die Kranken, empfing Bittsteller, hörte regelmäßig Beichte. Er ließ 30 Kirchen bauen und weihen und zahlreiche Schulen gründen.